Amarnan perinteinen uskonto rakentuu kolmen pantheonin ympärille. Taivaan jumalten pantheonia johtaa auringon jumala Amar, maan pantheonia maaäiti Erala ja pimeyden pantheonia ghoulien herra Hokar. Amar ja Hokar ovat toistensa vihollisia. Useimmiten on niin, että yläluokka palvoo taivaan jumalia ja rahvas maan jumalia. Pimeyden jumalat ovat paholaisia, joita ei yleensä varsinaisesti palvota mutta hyvitellään kylläkin. Joillain alueilla hallitseva luokka palvoo pimeyttä. Näillä alueilla taivaan jumalten kultteja tavallisesti vainotaan. Kolmen pääpantheonin lisäksi Amarnassa harjoitetaan lukuisia muita uskontoja, jotka ovat levinneet Kahden auringon maahan muualta. Näistä tärkeimmät ovat delonien jumalat, joiden johtaja on delonien alkuisä Delkhos, khamilaista alkuperää olevat meren jumalat, joista suosituin on Triogena-jumalatar, sekä Totisen jumalan seuraamiseen perustuva khamilainen monoteismi, jolla on monia muotoja. Marait harjoittavat samanismia ja ei-ihmisillä on omia jumaliaan, joista merkittävin on Liskokuninkaan kultti. Kratoslaisuus on kaikkia uskontoja tavalla tai toisella yhdistävä synkretistinen liike. Suhtautuminen Kratosiin on kuitenkin ambivalenttia: toisille hän on pelastaja, toisille paholainen.

Vihkimykset ja papisto

Useimmissa kulteissa on mysteerejä, joihin uskonnon ansioituneet jäsenet vihitään. Vihkimyksen myötä vihitty saa uskonnossa korkeamman aseman ja oppii mystisiä taikavoimia, jotka ovat vaikutuksiltaan samantapaisia kuin loitsut. Lisäksi joissain kulteissa syvempiin mysteereihin vihityille jäsenille opetetaan magiaa. Vihkimysten määrä vaihtelee kultista toiseen mutta yleensä ensimmäinen vihkimys koskee koko pantheonia, eikä se tuo mukanaan suuriakaan etuja. Vihkimyksensä jälkeen vihittyä pidetään uskontonsa aikuisena edustajana, ja hän saa osallistua maallikoille suunnattuihin palvontamenoihin. Valtaosa amarnalaisista on ottanut vastaan ensimmäisen asteen vihkimyksen jonkin pääpantheonin mysteereihin. Uskonnon toinen vihkimys koskee jotakuta pantheonin jumalista, ei pantheonia yleisesti, kuten ensimmäinen vihkimys. Toisen vihkimyksen myötä henkilö syventyy jumalansa erikoismysteereihin ja saa ensimmäisen taikavoimansa. Hän on kuitenkin vielä maallikko. Kolmannen vihkimyksen myötä vihitystä tulee akoluutti. Akoluutti on ensimmäisen asteen pappi. Akoluuteilla ei kuitenkaan vielä ole temppelivastuita ja heidän voimansa ovat rajoittuneempia kuin ylempien pappien. Yleensä akoluutteja koulutetaan täysiksi papeiksi tai he harjoittavat jotakin maallista ammattia. Akoluutin yläpuolella on kulttikohtaisesti vaihteleva määrä vihkimysasteita. Korkeimman vihkimysasteen pappeja sanotaan ylipapeiksi. He johtavat suuria  temppeleitä. Jotkut uskonnot ovat lisäksi organisoituneet kaupunkivaltioiden rajat ylittäviksi hierarkioiksi. Esimerkiksi Katran matriarkka on kaikkien maan temppelien ylipappien esinainen.

Vihkimysrituaaleissa palvojat esittävät myyttisiä tapahtumia symbolisen rituaaliteatterin keinoin. Yksi palvojista on rituaalin keskushenkilö. Hän omaksuu myytin jumalan roolin, ja hän on se, joka rituaalin myötä tulee vihityksi mysteeriin, josta myytti kertoo. Rituaalin aikana keskushenkilö kokee symbolisesti esitetyt tilanteet todellisina. Hän siis ikään kuin matkaa jumalajalle, myytin syntyhetkeen. Tässä on vaaransa, sillä liian heikko tai huolimaton vihkimyksen yrittäjä saattaa esim. kuolla tai eksyä jumalten aikaan. Onnistuneen rituaalin jälkeen vihkiytynyt henkilö saa taikavoiman, joka liittyy myytissä ilmenneisiin jumalan voimiin ja aspekteihin. Yleensä vihkimysrituaaleja suoritetaan, kun palvoja haluaa edetä uskontonsa hierarkiassa. Vihkimyksiä voidaan kuitenkin suorittaa myös harvinaisempien taikavoimien saamiseksi tai yksittäisten ihmeiden suorittamiseksi.

Temppelit ja jumalankuvat

Amarnalaiset uskonnot ovat hyvin ritualistisia, ja niiden harjoittaminen edellyttää temppeliä tai muuta pyhää paikkaa. Samoin jumalankuva, joka toimii palvonnan fokuksena, on välttämätön. Tulemalla säädettyinä hetkinä temppeliin ja suorittamalla uhrinsa ja rukouksensa jumalankuvan edessä palvojat tekevät jumalastaan vahvan ja saavat häneltä hänen lahjansa, joita taikavoimatkin ovat. Jos palvojat eivät harjoita uskontoaan, he menettävät uskontonsa suomat edut ja saattavat herättää jumalten vihan. Esimerkiksi korkeampia vihkimyksia ei ole mahdollista suorittaa temppeleissä, joissa ei käy palvojia, ja palvonta ei ole mahdollista temppelissä, jossa ei ole jumalankuvaa. Tämän vuoksi amarnalaiset saattavat kaupungin valloittaessaan viedä sen jumalankuvat vangiksi valloitajakaupunkiin. Pahimmillaan uskonnon tukahduttaminen johtaa siihen, että sen vihityt menettävät taikavoimansa. Jumalan viha puolestaan voi johtaa katastrofeihin, jotka koskevat koko yhteisöä. Tämän välttämiseksi amarnalaisissa kaupungeissa on pyhäkköjä myös pahoille jumalille, vaikka hallitseva luokka suhtautuisikin niihin vihamielisesti.