Amarnan kaupunkivaltioiden nykyisen hallitusjärjestelmän ymmärtäminen edellyttää muinaisen Auringon keisarikunnan valtiomuodon tuntemista. Jumalajan jälkeen Amar luovutti kuninkuuden pojalleen, joka jäi kuolevaiseksi kuolevaisten keskuuteen, kun jumalat matkasivat omaan maahansa. Tästä pojasta tuli ensimmäinen jumalkeisari Amarhat I. Hänestä lähtien olivat Amarnan valtakunnan, eli Auringon keisarikunnan, hallitsijat aina Amarin poikia ja siis jumalia itsekin. Siitä arvonimi jumalkeisari. Sukupolvesta sukupolveen Amarin pyhä veri on periytynyt Amarhatin aloittaman dynastian jäsenissä.

Heti Amarhatin ajasta lähtien Amarin papistolla oli vahva asema. Papiston tärkein tehtävä oli auttaa jumalkeisaria tulemaan itsekseen sekä tulkita Amarin taivaallista tahtoa ja näin toimia jumalkeisarin neuvonantajina. Vailla merkitystä ei ollut (eikä vieläkään ole) myöskään Amarin papiston valta tulkita pyhiä sukutauluja vallanperimyksen ratkaisemiseksi, mikäli hallitsija kuolee ilman jälkeläisiä.

Amarnan valtakunta ja kaikki, mitä siinä oli, oli jumalkeisarin omaisuutta. Amarilaisen opin mukaan hallitsija ei saa jakaa valtaansa eikä luopua perinnöstä, jonka on saanut Amarilta. Tämän vuoksi Amarnassa ei koskaan ole ollut perintöaatelia tai suurmaanomistajien luokkaa, joka olisi kilpaillut vallasta hallitsijan kanssa. Sen sijaan jo Amarhatin ajoista lähtien jumalkeisaria avustivat monenlaiset virkamiehet. Hallitsijakeskeinen valtakunta tarvitsi toimiakseen veronkantajien ja kirjurien armeijan. Tämä luokka oli ja on vieläkin etuoikeutettu, mutta koskaan ei sen jäsenyys ole ollut periytyvä. Aina on virkamiehiksi tahtovien pitänyt todistaa kykynsä Saidalin pappien järjestämissä pyhissä kokeissa. Nuorukaisten (ja joskus neitojenkin) menestys kokeissa määrää sen, kuinka korkeita virkoja he voivat tavoitella.

Auringon keisarikunta oli valtavan laaja valtakunta, johon kuului lukuisia kaupunkeja. Jumalkeisarin oli käytännön syistä mahdotonta hallita ja jakaa oikeutta jokaisessa kaupungissa. Siksi jo Amarhat nimitti satraappeja käskynhaltijoiksi. Satraapit olivat jumalkeisarin luotettuja suosikkeja, joiden asema ei jumalkeisarien aikaan ollut periytyvä. Satraapiksi pääsyä ei myöskään säännellyt virkamieskokeen suorittaminen (vaikka monet sen suorittivatkin). Jo varhain tuli tavaksi, että satraappina saattoi toimia vain jumalkeisarin verisukulainen. Tämän vuoksi nykyisetkin satraappidynastiat katsovat polveutuvansa Amarista, minkä vuoksi heidän vallallaan on taivaiden siunaus.

Jumalkeisareilla oli mahtavat armeijat. Kuten nykyisinkin, armeijan kovan ytimen muodostivat sotavaunujoukot. Alun perin vaunumiehiksi valittiin vain jumalkeisarin jalkavaimojen poikia. Tämä tapa näkyy yhä siinä, että nykyisten kaupunkivaltioiden vaunujoukkojen upseeristo on satraappien sukua.

Viimeisen jumalkeisarin kuoltua ilman perillistä Amarnan satraapit alkoivat kilpailla vallasta ja tavoitella kuninkuutta itselleen. Satraapit perustivat omat dynastiansa ja kaikki ne väittävät polveutuvansa Amarista ja olevansa siksi oikeutettuja kruunuun. Nämä pikkudynastiat ovat kopioineet jumalkeisarien ajan hovin järjestyksen ja loiston mutta ne eivät tietenkään vedä sille vertoja. Yksikään satraappi ei myöskään ole uskaltanut ottaa jumalkeisarin pyhää arvonimeä käyttöönsä.

Katran matriarkaatti oli jo jumalkeisarien aikana poikkeus, joka vahvisti säännön. Katrassa on aina vallinnut maan papittarien johtama teokratia, joka on vannonut uskollisuutta jumalkeisarille mutta säilyttänyt omat erityispiirteensä. Katrassa virkamieskunta, papisto ja upseeristo valitaan yksinomaan maan kulttien piiristä ja järjestys on matriarkaalinen, eli naiset ovat päättävissä asemissa.